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返回组织培养一方面可为转基因育种提供理想的受体材料，另一方面又可为常规的植物改良程序提供一种新的手段，从而使很多用传统方法难以解决的问题迎刃而解，更多更快更好地创造出各种农作物和园艺植物的新品种、新类型和新种质。概括地说，组织培养在农业中的应用可以有以下10个方面：
一一组织培养是转基因技术不可或缺的组成部分，无论是转基因受体的提供，还是转化细胞的筛选和再生，都需要有组织培养技术作为支撑。
一一在自花授粉作物杂交育种中，或在异花授粉作物自交系选育过程中，采用花药培养技术可缩短杂合体纯合化所需的时间。
一一在某些雌雄异株植物（如石刁柏）中，若把花药培养技术包括到制种程序中去，在后代就有可能得到均匀一致的单性群体，这在有些情况下，可以显著提高经济效益。
一一在远缘杂交中，通过离体授粉或原生质体融合有可能克服受精前障碍，通过幼龄合子胚培养可以克服受精后障碍，通过体细胞融合还有可能制造出细胞质杂种。
一一对于无药可治的病毒病，可通过茎尖培养消除病毒，这对解决马铃薯种薯退化问题能发挥重要的作用，在其他很多植物中也可用以建立无毒原种。
一一通过离体诱导不定芽或促进腋芽生枝，可对很多重要的园艺植物和名贵花卉、树种进行快速繁殖。
一一应用在细胞水平上进行突变体选择的技术，可以在一定程度上使高等植物的育种程序微生物化，从而大大提高选择效率，节省时间和土地面积，并且不受季节的限制。
一一体细胞无性系变异是除有性杂交和理化诱变之外的第三个变异来源，这种变异在育种中的利用价值已经引起人们的广泛注意。
一一通过用人工种皮包被体细胞胚制造人工种子，为某些稀有和珍贵物种的繁殖提供了一种高效的手段。
一一特别是在、性繁殖梢物中，通过对茎尖分生组织等离体材料进行超低保存，不但可以大大节省空间，而且还不受到害虫的侵袭，并且于无毒种质的国际交换。
以上举例的是组织培养方法可能在农业上应用的几个主要方面，此外，在工业中，利用细胞大规模培养技术生产植物次生代谢产物，如抗菌化合物，抗瘤生物碱，食品调味剂，甜味剂，维生素，杀虫剂和各种酶等，也展现了诱人的前景。当然，就目前的技术发展水平来说，上述每一方面都还存活着或多或少的限制因素，不过总体看起来，组培培养的方法已经植物改良中发挥了重要的作用，而且随着培养技术的不断进步，必将发挥更大的作用。
